Le Misericordie hanno le loro origini nelle prime forme di partecipazione dei cittadini alla vita della comunità che presero il nome di Confraternite.
È nel Medioevo che queste forme di aggregazione assumono un'identità più definita, dal X secolo in poi, in queste tipologie:
In secoli politicamente confusi, le Confraternite si trovarono spesso a svolgere un ruolo da protagonista sul piano religioso e civile. La crescente importanza, anche economica, assunta da alcune Confraternite, e la loro grande capacità di mobilitazione popolare, provocherà, dal sec. XIV, ripetuti tentativi volti ad "imbrigliarne" lo sviluppo e l'attività. Sempre in bilico fra il sospetto di eresia e di opposizione al potere politico, arricchite per donazioni e lasciti, le Confraternite diventarono la forma associativa volontaria più diffusa in Europa. Con queste radici e su queste premesse prende avvio il fenomeno delle Misericordie.
La prima Misericordia, quella di Firenze, risale al 1244. La prima traccia documentale è del 1321 ed è relativa all'atto di acquisto di una casa di proprietà di Baldinuccio Adimari sita davanti al Battistero. Ancora del 1321 è una nota relativa alla "Messa per la Pace" fra guelfi e ghibellini, organizzata dai Capitani della Compagnia della Misericordia e della Compagnia del Bigallo. Esistono poi alcuni atti e rogiti notarili, datati a partire dal 1330, nei quali la Compagnia della Misericordia risulta beneficiaria di lasciti e donazioni. Risalgono al 1361 quattro registri in cui sono riportati i nomi degli ascritti suddivisi per quartiere. In quegli anni la Compagnia è retta da otto Capitani, due per quartiere, scelti in modo tale che sei di questi appartenessero alle Arti Maggiori e due alle Minori.
Alla metà del 1300 il Comune inizia a porre "maggiore attenzione" alle Confraternite con lo scopo, non dichiarato, di gestirne il patrimonio e di indirizzarne la politica sociale. Questa linea politica venne facilitata dall'atteggiamento dei Capitani delle diverse Compagnie costantemente alla ricerca di protezione politica e di "facilitazioni" per i loro sodalizi. Le Compagnie erano frequentemente beneficiarie di eredità e lasciti da parte di cittadini facoltosi, ma l'opposizione degli eredi naturali ostacolavano l'acquisizione spingendo i Capitani a chiedere una legislazione speciale che favorisse i propri sodalizi.
Nel 1366, la Compagnia di Orsammichele, di gran lunga più ricca fra le Compagnie fiorentine del tempo, viene costretta ad accettare la nomina dei propri camarlinghi (amministratori del patrimonio) da parte della della Repubblica.
La Riforma degli Statuti, avvenuta nel 1361 consentì alla Misericordia di Firenze di ritardare gli effetti di questa politica, ma nel 1425 viene costretta a fondersi con la Compagnia del Bigallo. Nel 1440, il nuovo sodalizio originato dalla fusione si vede imporre come proprio camarlingo quello della Compagnia di Orsanmichele che già da tempo era di nomina pubblica.
Verso la metà del XV secolo, a Firenze come nel resto d'Europa, tutte le Compagnie dedite alla beneficenza ed all'intervento sociale finiscono sotto il controllo diretto od indiretto dello Stato che le riorganizza secondo i propri fini di politica sociale. A Firenze la Misericordia sarà ricostituita in forma autonoma nel 1490, con Statuti che ne modificano profondamente il corpo sociale, rendendola sostanzialmente diversa dal vecchio sodalizio, con la più ampia partecipazione a base popolare.
Con il XVI secolo le Compagnie vennero messe in condizioni di esprimersi soltanto nei limiti parrocchiali come Confraternite Sacramentali o come società di assistenza distanti dal popolo per essere soggetto politico autonomo. Perciò, pur registrandosi un numero elevato di Compagnie e Confraternite, non si sono sviluppati, per secoli, rapporti di reciproco contatto ma ciascuna di esse ha continuato a vivere concentrata sulla particolare forma di devozione o sul servizio alla propria comunità. L'unica forma di contatto istituzionale che sembra sopravvivere, in questi secoli, è rappresentata dalle occasioni devozionali e dai Pellegrinaggi Giubilari.
Su questo fronte, a partire dal XVI secolo, le diverse Confraternite cominciarono a stabilire forme di reciproca associazione in modo da "lucrare le indulgenze" di cui erano beneficiarie. In Toscana, la politica dei Medici, inaugurata nel 1490 con la ricostituzione della Misericordia di Firenze, produce la progressiva trasformazione degli antichi sodalizi in "nuove" Confraternite di Misericordia.
Il 21 marzo 1785 viene emanato il Decreto di soppressione delle Confraternite Laicali da Pietro Leopoldo I di Lorena su ispirazione di Scipione de' Ricci, Vescovo, scismatico e giansenista, di Pistoia. Dal 1790, con il granduca Ferdinando III, le Confraternite vengono autorizzate a riprendere la loro attività seppure in modo condizionato.
Poiché la Misericordia di Firenze era stata esentata dagli effetti del Decreto dell'85, molte delle Confraternite ricostituite dopo il 1790 trovarono opportuno affiliarsi alla Misericordia fiorentina. All'affiliazione reciproca per motivi devozionali, sviluppatasi nei secoli precedenti, si aggiunge, così, nel XIX secolo, il fenomeno della affiliazione alla Misericordia fiorentina promosso da fini politici.
Successivamente, con l'Unità d'Italia e la capitale a Roma, fra le Misericordie politicamente più attente emerge la necessità di dare vita ad un organismo superiore, rappresentativo delle istanze locali e delle tradizioni dell'intero movimento, a cui demandare la conduzione del dialogo con il Governo centrale.
Nel 1899 si riuniscono a Pistoia i rappresentanti di 40 Confraternite e danno vita alla Federazione trasformata, poi, in "Confederazione" nel 1947.
L'Unione Federativa delle Misericordie viene fondata a Pistoia il 21 Novembre 1899 con la delibera e l'approvazione dello Statuto. La costituzione della Commissione per la stesura dello Statuto è l'atto conclusivo dei lavori del Congresso tenutosi a Pistoia il 24 e 25 settembre precedente (1899), nel corso dei quali, per la prima volta nella storia, le Misericordie si riuniscono per discutere congiuntamente della loro esperienza e tracciare un cammino comune.
L'iniziativa della convocazione di un Congresso viene assunta dalla Misericordia di Pistoia che inizialmente intendeva celebrarlo in occasione dei festeggiamenti per il proprio IV centenario (1500-1900), ma motivi di opportunità generale ne consigliarono l'anticipazione:- Lo svolgimento del Congresso si rivelò subito problematico
- La Commissione, insediata il 14 gennaio 1899 per organizzare l'incontro nazionale ebbe difficoltà a individuare tutte le Confraternite esistenti come risulta dall'atto di costituzione della stessa Commissione.
Per secoli erano mancati i contatti e ciascuna associazione aveva avuto una evoluzione autonoma che si era misurata solo con la sua realtà locale. Adesso, invece, la Commissione avrebbe dovuto ricercare e contattare le Misericordie disperse sul territorio e ricondurle in un luogo comune dove avrebbero potuto scoprirsi sorelle, nonostante la lontananza dei secoli.
Il compito apparve difficile e la Commissione riuscì ad assolverlo almeno in parte grazie alla collaborazione assicurata da alcune diocesi. Al termine di questa indagine vennero individuate 77 Misericordie a cui la Commissione inviò la Circolare di invito. Risposero all'appello soltanto 45 di esse (di cui 9 soltanto per lettera).
Le riunioni del 24 e 25 settembre videro la partecipazione attiva di sole 36 Misericordie di cui 7 rappresentate per delega. Fra i presenti vi erano i rappresentanti dei grandi sodalizi delle città capoluogo della Toscana, ma anche rappresentati delle piccole associazioni dell'estrema periferia. È significativo il contributo al dibattito offerto proprio da queste piccole Associazioni, così come emerge dai Verbali del Congresso, dimostrando una vitalità e una attenzione all'evolversi dei tempi davvero sorprendente. I lavori congressuali, che terminarono il 25 settembre, confermarono il Conte Cesare Sardi, rappresentante della Misericordia di Lucca e della Misericordia di Borgo a Mozzano, quale primo Presidente delle Misericordie. Il Discorso conclusivo tenuto dal Conte Sardi tracciò la fisionomia della neocostituita Federazione e del nascente Movimento.